Το Πρωτοδικείο Χανίων απέρριψε την αγωγή που είχε υποβάλει εναντίον της Ελενας Ακρίτα, όταν εκείνη αποκάλυψε την εμπλοκή του στην υπόθεση. Ο πρώην βουλευτής ζητούσε μισό εκατομμύριο από τη δημοσιογράφο.
Ο ίδιος ο Χρήστος Μαρκογιαννάκης είχε παραδεχτεί τότε πως μεσολάβησε για να πέσουν στα μαλακά κάποιοι φοιτητές από την παρέα των Κρητικών «βασανιστών» του Γιακουμάκη, όχι όμως για αυτή καθεαυτή την υπόθεση βασανισμού του Γιακουμάκη αλλά για άλλα παραπτώματα στα οποία είχε υποπέσει ένας συγκεκριμένος φοιτητής της Γαλακτοκομικής Σχολής Ιωαννίνων (βανδαλισμούς στη σχολή κ.λπ.).
Τον Νοέμβριο του 2016 ο Χρήστος Μαρκογιαννάκης κάθισε τελικά στο εδώλιο για ηθική αυτουργία σε παράβαση καθήκοντος για την οποία καταδικάστηκε ο τότε διευθυντής της Σχολής. Ο κ. Μαρκογιαννάκης πάντως τότε αθωώθηκε, με τον ίδιο να επισημαίνει πως η παρέμβασή του έγινε για να μην αποβληθεί ένας φοιτητής που κατάγεται από τα Χανιά (όπου εκλεγόταν και ο ίδιος) και για να μη ζημιωθεί οικονομικά η φτωχή οικογένειά του. Οι δικηγόροι του Χρήστου Μαρκογιαννάκη αλλά και ο ίδιος είχαν απειλήσει κατ’ επανάληψη με νομικά μέτρα εναντίον των δημοσιογράφων και των ΜΜΕ που τον ενέπλεκαν στην υπόθεση.
Η αγωγή κατά της Ελενας Ακρίτα είχε ασκηθεί από το 2015, καθώς η δημοσιογράφος είχε απευθύνει ανοιχτή επιστολή στον τότε υπουργό Δικαιοσύνης Γιάννη Πανούση, αποκαλύπτοντας την εμπλοκή ενός βουλευτή στην υπόθεση, ενώ με δεύτερο κείμενό της στα «Νέα» είχε γράψει ευθέως για τον Χρήστο Μαρκογιαννάκη και αφού ο ίδιος είχε παραδεχτεί ότι τηλεφώνησε στον διευθυντή της Γαλακτοκομικής Σχολής ασκώντας πίεση υπέρ συγκεκριμένου Χανιώτη σπουδαστή.
Στις 29 Σεπτεμβρίου το Πρωτοδικείο Χανίων απέρριψε την αγωγή Μαρκογιαννάκη, αναφέροντας μάλιστα στο σκεπτικό της απόφασης πως το άρθρο της Ελενας Ακρίτα «συνέβαλε στην αποκάλυψη των περιστατικών εκφοβισμού που βίωνε ο Βαγγέλης Γιακουμάκης πριν από την εξαφάνισή του, αφού λειτούργησε καταλυτικά στην παροχή μαρτυριών από πρόσωπα που γνώριζαν τα περιστατικά βίας αλλά και παροχής κάλυψης στους δράστες αυτής αναφορικά με την εν γένει παραβατική συμπεριφορά τους στις αρμόδιες ανακριτικές αρχές».
Με αυτά τα δεδομένα η αγωγή για τις 500.000 ευρώ απορρίφθηκε, ενώ σε ανάρτησή της η Ελενα Ακρίτα ευχαρίστησε τους γονείς του Βαγγέλη Γιακουμάκη για τις ένορκες βεβαιώσεις τις οποίες αυτοβούλως έδωσαν αλλά και την πρόεδρο της ΕΣΗΕΑ Μαρία Αντωνιάδου που από την πρώτη στιγμή μέχρι σήμερα στάθηκε στο πλευρό της ίδιας αλλά και της αλήθειας, της ελευθεροτυπίας και της δημοσιογραφικής δεοντολογίας.
